Боевой ангел Алита

Люди и киборги Свалки живут под парящим небесным городом, чьи жители сваливают свой мусор на Свалку и фактически правят ею. Однажды Идо[イド ダイスケ], бывший житель небесного города и доктор, который специализируется на починке киборгов, находит голову девушки-киборга в большой куче мусора. Он забирает её, собирает тело и называет Алитой[ガリィ].

Затем Алита[ガリィ] узнаёт о боевых техниках, спрятанных в её теле, и решает стать охотником-воином, коллекционером полезностей, используемых фабрикой небесного города.